পশ্চিমবঙ্গে রাজ্যপালের সঙ্গে শাসক দল তৃণমূল কংগ্রেসের বিরোধ তীব্র আকার ধারণ করেছ্।ে রাজ্যেও শাসক দল তৃণমূল কংগ্রেস মনে করে রাজ্যপাল নিরপেক্ষ নন। অথচ নতুন রাজ্যপাল হিসেবে জগদীপ ধনকড় তৃণমূল কংগ্রেস নেত্রী মমতা বন্দ্যোপাধ্যায়ের প্রশংসা করেছেন। তবে রাজ্যেও বেশকিছু ঘটনা নিয়ে রাজ্যপাল সক্রিয়তা দেখানোতেই তৃণমূল কংগ্রেসের রোষে পড়েছেন তিনি। সম্প্রতি যাদবপুর বিশ্বাদ্যালয়ে গোলমালের পরিপ্রেক্ষিতে রাজ্যপালকে সেখানে যেতে রাজ্য সরকার নিষেধ করেছিলেন। কিন্তু সেই নিষেধ অমান্য করেই রাজ্যপাল সেখানে গিয়েছিলেন। পরে অবশ্য তিনি বলেছেন, আচার্য এবং অভিভাবক হিসেবেই তিনি  সেখানে গিয়েছিলেন। পাশাপাশি যাদবপুর বিশ্ববিদ্যালয় নিয়ে তিনি তাঁর অবস্থান স্পষ্ট করে মঙ্গলবার বলেছেন. শিক্ষা প্রতিষ্ঠানের সমস্যার সমাধান সম্ভব। শিক্ষায় নজর না দিলে আমরা ধ্বংস হয়ে যাব। বিশ্ববিদ্যালয়ের সম্মান বজায় রাখার আবেদন জানিয়েছেন তিনি। যাদবপুরে কেন্দ্রীয মন্ত্রী বাবুল সুপ্রিয় ছাত্রদের হাতে লাঞ্ছিতও হয়েছেন। যাদবপুর কান্ডের পরই রাজ্যপালের সঙ্গে তৃণমূল কংগ্রেসের সংঘাত এমন চরমে পৌঁছেছে যে,  মঙ্গলবার শিলিগুড়িতে রাজ্যপালের ডাকা এক  প্রশাসনিক বৈঠকে যোগ দেন নি কোনও পুলিশ কর্তা ও মন্ত্রী বা রাজ্যসরকারের কোনও প্রতিনিধি। এই ঘটনায় যথেষ্ট হতাশ হয়েছেন রাজ্যপাল জগদীপ ধনখড়। সাংবাদিক বৈঠকে উষ্মাও প্রকাশ করেছেন ক্ষুব্ধ রাজ্যপাল। রাজ্যপাল বলেছেন, আশা করেছিলাম শাসক দলের প্রতিনিধিরা থাকবেন, তবে ওঁরা নিশ্চয়ই কোনও কাজে আটকে গিয়েছেন। আশা করি পরের বৈঠকে তাঁরা থাকবেন। তবে রাজ্যপালের এই কটাক্ষ সহ্য করতে না পেরে তৃণমূল কংগ্রেসের মহাসচিব ও মন্ত্রী পার্থ চট্টোপাধ্যায় রাজ্যপালকে সরাসরি আক্রমণ করে বলেছেন, উনি অপ্রয়োজনীয়ভাবে অতি সক্রিয় হচ্ছেন। সাংবিধানিক ক্ষমতার অপপ্রয়োগ ঠিক নয়। নতুন রাজ্যপাল নিরপেক্ষ নন বলেও মন্তব্য করেছেন। তৃণমূল কংগ্রেসের পক্ষে জারি করা বিবৃতিতে রাজ্যপালকে পশ্চিমবঙ্গ ঘুরে দেখার পরামর্শ দেওয়া হয়েছে। তবে তৃণমূল কংগ্রেসের এই বিবৃতির পর রাজ্যপালও বলেছেন, তিনি অতি সক্রিয় নন। তবে সক্রিয়।